Созданный в 2007 году решением Ученого совета Института Математический отдел состоит в настоящее время из пяти лабораторий.

Лаборатория № 1 им.М.С.Пинскера - Лаборатория теории передачи информации и управления

Лаборатория № 4 - Добрушинская математическая лаборатория

Лаборатория № 13 - Лаборатория алгебры и теории чисел

Лаборатория №5 - Лаборатория квантовой физики и информации

Лаборатория №16 - Методы математической физики и теории информации